发作性睡病的发病机理现在还不十分清楚，一般认为可能与睡眠及代谢紊乱有关，是引起睡眠的神经信号在传递过程中的化学物质发生障碍或是睡眠中枢与脑干的网状结构的功能失调的结果。临床证实，精神创伤、内分泌紊乱、脑炎、脑部外伤、脑部肿瘤等都是发作性睡病的诱因。因此，应尽早到医院进行检查以便确诊。

目前研究表明其发病有一定的遗传因素。1880年首先由Gelineau报道并命名该病，其病因至今未明。部分患者呈家族遗传性。该家系连续3代均有人发病，父母患病子女均患病，父母正常子女均正常，且男女均有患病，遗传方式符合常染色体显性遗传。

1999年美国斯坦福大学医学院首先发现发作性睡病是脑部器质性病变所致。研究表明，患者的睡病发生，是因为脑部缺少一种维持大脑处于清醒状态的名叫下丘脑分泌素（也有称食欲素）的化学物质，而分泌这种物质的脑细胞仅有5万个，如果该细胞由于各种原因受到损伤或消失，就不能分泌下丘脑分泌素，人也就无法维持清醒状态而经常犯困。运用这一指标诊断发作性睡病的敏感性及特异性均达90%以上。